Glavno tajništvo obavlja poslove tehničkog usklađivanja rada upravnih organizacija i unutarnjih ustrojstvenih jedinica u sastavu Ministarstva, koordinira donošenje godišnjeg plana rada Ministarstva i izvješća o izvršenju godišnjeg plana rada, poduzima mjere za osiguranje učinkovitosti u radu, obavlja upravne i stručne poslove koji se odnose na sudjelovanje u izradi nacrta prijedloga zakona i prijedloga drugih propisa iz nadležnosti Ministarstva, koordinira planiranje zakonodavnih aktivnosti Ministarstva i obavlja poslove procjene učinaka i vrednovanja propisa u skladu sa zakonom kojim se uređuju instrumenti politike boljih propisa, sudjeluje u postupcima savjetovanja sa zainteresiranom javnošću, priprema prijedloge ugovora i internih akata iz svoje nadležnosti, obavlja poslove vezane za informacijsku sigurnost, koordinira poslove zastupanja Ministarstva u upravnim sporovima i izvršavanja sudskih odluka, obavlja poslove planiranja, upravljanja i razvoja ljudskih potencijala, obavlja opće, tehničke i druge pomoćne poslove, održavanja poslovnih prostora, opreme i čišćenja, poslove zaštite na radu, skrbi o urednom i pravilnom korištenju imovine, sredstava za rad, opremanju prostora Ministarstva, voznom parku i korištenju vozila, načinu održavanja sredstava i opreme, organizira prijevoz dužnosnika i službenika Ministarstva, obavlja poslove koji se odnose na upravljanje uredskim poslovanjem, dostave pošte, provodi i upravlja procesima nabave roba, radova i usluga za potrebe Ministarstva, surađuje s ustrojstvenim jedinicama Ministarstva radi uključivanja u plan i postupak nabave, surađuje s nadležnim tijelima u Republici Hrvatskoj iz područja javne nabave, koordinira aktivnosti vezane uz provedbu Opće uredbe o zaštiti osobnih podataka; obavlja financijsko-planske, računovodstvene poslove te poslove koordinacije razvoja sustava unutarnjih kontrola te obavlja druge poslove iz svoga djelokruga.
U Glavnom tajništvu ustrojavaju se:
- Sektor za pravne i opće poslove i javnu nabavu
- Služba za pravne poslove
- Služba za opće, informatičke poslove i uredsko poslovanje
- Odjel za informatičke poslove i uredsko poslovanje
- Odjel za opće poslove i ljudske potencijale
- Služba za javnu nabavu
- Sektor za financije i računovodstvo
- Služba za financijske i računovodstvene poslove
- Služba za proračun i financijsko upravljanje i kontrolu
